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O ataque feito por uma esquadra francesa, em 1566, conduziu à visita de três padres jesuítas à ilha com a missão de animar a população e ver se as crenças religiosas dos madeirenses não tinham sido afectadas. Como esta visita teve tanto êxito, surgiu uma ordem em 1569 para se estabelecer um colégio da Companhia na ilha.
Os Jesuítas vieram para a ilha em Março de 1570 e instalaram-se numa das casas da albergaria São Sebastião. Depressa começaram a procurar o local ideal para se instalarem, escolhendo o quarteirão a Norte das Ruas das Queimadas. Mudaram-se em 1572 e, em 1574, ocupavam já o amplo quarteirão.
As obras para o futuro colégio tiveram início em 1599, depois de ter havido várias discordâncias internas e depois de muitos projectos terem sido apresentados.
O colégio e a igreja de São João Evangelista foram o maior complexo edificado até ao século XIX. O colégio, hoje sede da Universidade da Madeira, encontra-se dividido em cinco corredores e dois andares. A igreja é um amplo templo jesuíta, com nave grande e alta. A nave é ladeada por capelas idênticas, sobre as quais se encontra uma passagem embutida na parede com janelas e balcões ao nível do coro.
Este esquema arquitectónico foi definido em Portugal antes dos finais do século XVI e, mais tarde, espalhado por todo o mundo, onde os missionários Jesuítas levavam a Palavra de Cristo. Este é, provavelmente, um dos esquemas arquitectónicos mais divulgados de sempre.
O recheio principal da igreja é o seu conjunto de retábulos de talha dourada, datados de 1647, 1648, 1654 e 1660. O altar-mor é considerado uma das jóias da talha madeirense desta época. Entre as muitas capelas, a das 11 Mil Virgens destaca-se pelo seu belíssimo altar. Esta igreja apresenta ainda uma colecção excepcional de azulejos das oficinas portuguesas em Lisboa.
Para dar a conhecer este importante edifício, a Associação Académica da Universidade da Madeira promove visitas guiadas (nas visitas autónomas pode socorrer-se de um panfleto disponível em sete línguas), exposições e eventos pontuais.
