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A primeira Alfândega do Funchal foi construída no Largo do Pelourinho. Com a remodelação da cidade, e depois da Câmara Municipal e da Sé Catedral terem sido construídas, iniciou-se a construção da chamada Alfândega Nova. Esta construção chegou ao fim em 1519. Nos séculos XVII e XVIII o edifício passou por algumas alterações e, em 1715, o provedor da Alfândega fez construir uma capela, recentemente preenchida com recheio da época.
Em 1748 um tremor de terra provocou estragos profundos no imóvel, o que conduziu à revisão completa do mesmo.
Nos séculos XIX e XX este edifício passou por várias alterações e ampliações, mas a decisão de lá instalar a Assembleia Legislativa da Madeira não apareceu até 1982. O projecto manteve o antigo núcleo Manuelino que foi restaurado e adaptado às novas necessidades.
