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Als die Jesuitenpriester auf die Insel kamen, benötigten sie einen Platz, wo sie sich niederlassen konnten. Nachdem sie mehrere Möglichkeiten studiert hatten, entschieden sie sich, die Häuser des früheren Colégios zu nutzen, um dort ihre Schule und Diözese aufzubauen.
Vom alten Palast haben eine manieristische Arkade, die auf den Largo do Município zeigt, und die um 1600 bis 1604 errichtete Kapelle São Luís de Toulosa überlebt. Am 31. März 1748 wurde die Region von einem starken Erdbeben erschüttert, und unter den am meisten beschädigten Gebäuden waren der Bischofspalast, das Zollhaus und fast alle Hauptkirchen.
Der Palast war nahezu unbewohnbar geworden, und die Kirchen drohten in Ruinen zu zerfallen. Aus diesem Grund zogen der Bischof und seine Familie in den Palácio de São Lourenço und kehrten erst 1751 in den Bischofspalast zurück, als die umfangreichen Aufbau- und Renovierungsarbeiten beendet waren.
Der Bischofspalast ist ein herrschaftliches Gebäude, wo man im Erdgeschoss und im ersten Stock heute noch Überreste von mehreren Bögen und Nischen sehen kann. Das gesamte Gelände des Palastes, auf dem sich auch das frühere Lyzeum befand, war damals eingezäunt. Später wurde auf diesem Grund der Largo do Município (Rathausplatz) errichtet.
Mit dem Bau des neuen Gymnasiums in 1950 bekam die Diözese das Gebäude der alten Schule zurück und richtete hier das Museum der Sakralen Kunst ein. Einige Jahre zuvor war eine groß angelegte Kampagne in die Wege geleitet worden, die zum Ziel hatte, das unschätzbare sakrale Erbe der Diözese aufzuspüren, zu restaurieren und es öffentlich auszustellen. Das bedeutendste Erbe, das man in diesem Museum besichtigen kann, ist zweifellos die umfangreiche Sammlung flämischer Malerei vom Ende des 15. und Anfang des 16. Jahrhunderts. Bei einigen der Gemälde lässt sich die Herkunft, insbesondere von denen, die aus den Ateliers von Antwerpen stammen, leicht bestimmen. Da damals der Zucker aus Madeira einer der wichtigsten Wirtschaftsfaktoren der portugiesischen Handelsniederlassung in Antwerpen war, erklärt sich die Präsenz dieser zahlreichen Gemälde und einiger beeindruckenden Skulpturen der flämischen Schule auf der Insel. Ebenso erwähnenswert sind einige portugiesische Gemälde, insbesondere die hervorragenden Arbeiten von Fernão Gomes zum Thema Christi Himmelfahrt, die er gegen Ende des 16. Jh. ausführte.
Ebenfalls in diesem Museum ausgestellt sind die Schätze der Kathedrale Sé, unter denen das Prozessionskreuz, eine Gabe von König Dom Manuel I, ein besonderes Glanzlicht darstellt, denn es handelt sich hier um eine der schönsten Arbeiten auf dem gesamten portugiesischen Territorium.
Die Insel Madeira spielte im 16. und 17. Jh. auch eine wichtige Rolle im portugiesisch-spanischen Atlantikverkehr. Aus diesem Grund legten hier auch die so genannten ‘silbernen Galonen’ aus Kastilien an, was im 17. Jh. für das Florieren der Silberwerkstätten der Insel ausschlaggebend war. Das ist auch der Hintergrund für eine interessante Silbersammlung mit Abendmahlkelchen, Prozessionskreuzen und anderen Reliquien, die ebenfalls in diesem Museum zu finden ist.
