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Em 1685 foi doado um terreno, perto da Sé, para a construção da Misericórdia, que seria mais tarde denominada Hospital de Santa Isabel.
Depois de 1927 foram efectuadas novas obras e, em 1931, com a construção do Hospital dos Marmeleiros, procedeu-se à transferência dos pacientes da Misericórdia para esse hospital.
Em 1933, o complexo foi cedido aos serviços da Junta Geral do distrito. O edifício da Junta Geral, hoje ocupado por algumas Secretarias do Governo Regional, preserva ainda elementos interessantes, como os azulejos policromados com motivos recuperados da azulejaria do século XVII.
